# A mineração de texto pode acelerar a curadoria de biomarcadores clinicamente relevantes para o banco de dados CIViC?

> Sim. O estudo desenvolveu o CIViCmine, uma base de conhecimento construída por mineração de texto e aprendizado supervisionado, que extraiu 121.589 sentenças relevantes e mais de 87.412 biomarcadores associados a 8035 genes, 337 drogas e 572 tipos de câncer, integrada ao CIViC para priorizar a curadoria de biomarcadores clinicamente relevantes.

Estudo citado: Lever J, Jones MR, Danos AM, Krysiak K, Bonakdar M, Grewal JK et al.. Text-mining clinically relevant cancer biomarkers for curation into the CIViC database. Genome medicine. 2019. DOI: https://doi.org/10.1186/s13073-019-0686-y. PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31796060/

## Resposta

A curadoria manual de evidências para bases de conhecimento em oncologia de precisão, como o CIViC, é um processo demorado e dependente de especialistas. Para ampliar a cobertura e agilizar esse trabalho, os autores propuseram o uso de mineração de texto sobre toda a literatura publicada, extraindo biomarcadores com relevância clínica.

O método envolveu a anotação, por especialistas em genômica do câncer, de sentenças que discutiam biomarcadores e suas associações clínicas, com bom acordo entre anotadores. A partir dessas anotações, foi construída a base de conhecimento CIViCmine, utilizando uma abordagem de aprendizado supervisionado.

Como resultado, foram extraídas 121.589 sentenças relevantes de resumos do PubMed e de textos completos do PubMed Central Open Access. O CIViCmine contém mais de 87.412 biomarcadores associados a 8035 genes, 337 drogas e 572 tipos de câncer, provenientes de 25.818 resumos e 39.795 publicações de texto completo.

A integração com o CIViC permite oferecer uma lista priorizada de biomarcadores curáveis e clinicamente relevantes, além de um recurso útil para outras bases de conhecimento e para analistas de câncer de precisão. Todos os dados são públicos e distribuídos com licença Creative Commons Zero.

Para o médico, isso significa acesso a uma ferramenta que pode auxiliar na identificação de evidências sobre biomarcadores, mas que não substitui a interpretação clínica individualizada. A base está disponível publicamente e pode ser consultada para embasar decisões, sempre com senso crítico.

## O que o estudo mostrou

O estudo utilizou uma abordagem de aprendizado supervisionado para construir a base CIViCmine, após anotação de sentenças por especialistas em genômica do câncer. Foram extraídas 121.589 sentenças relevantes de resumos do PubMed e textos completos do PubMed Central Open Access. A base contém mais de 87.412 biomarcadores associados a 8035 genes, 337 drogas e 572 tipos de câncer, representando 25.818 resumos e 39.795 publicações de texto completo. O resumo não informa o tamanho da amostra de sentenças anotadas para treinamento.

## Limitações

O resumo não detalha o desempenho do modelo de aprendizado supervisionado, como precisão ou recall, nem descreve as limitações da anotação manual. Também não informa a quantidade de especialistas envolvidos ou a validação externa da base. A dependência de texto completo disponível em acesso aberto pode restringir a cobertura.

## Aplicação no consultório

A base CIViCmine pode ser uma fonte complementar para o médico consultar evidências sobre biomarcadores clínicos, agilizando a busca por informações relevantes. No entanto, a interpretação final deve considerar o contexto clínico individual. Para a gestão do consultório, ferramentas como essa podem otimizar o tempo dedicado à atualização científica, mas não substituem a análise crítica e a formação continuada.

## Perguntas para aprofundar

- Como a mineração de texto pode auxiliar na atualização sobre biomarcadores em oncologia de precisão?
- Qual é a utilidade prática da base CIViCmine para o clínico que atua em oncologia?
- Quais são as limitações da curadoria automatizada de biomarcadores para a prática clínica?

Tema: IA em medicina de precisão e genômica. Página: https://alphadoctor.com.br/ciencia/ia-medicina-precisao-genomica/a-mineracao-de-texto-pode-acelerar-a-curadoria-de-biomarcadores-clinicamente/

Conteúdo educacional para profissionais de saúde, baseado no resumo do artigo citado. Não substitui a leitura do estudo original nem avaliação clínica.